Αρκετό καιρό πριν την ανακάλυψη των ταχύτατων και βολικών μέσων συγκοινωνίας και επικοινωνίας, η Κρήτη απολάμβανε την απομόνωσή της ως νησί, αλλά ταυτόχρονα καθοριζόταν και από τη θέση της, ως σταυροδρόμι της ανατολικής Μεσογείου. Λίγο μετά τον θάνατο του Μεγάλου Αλεξάνδρου η αλληλεπίδραση του ελληνικού πολιτισμού με τους μεγάλους ανατολικούς πολιτισμούς της Αιγύπτου και της Μεσοποταμίας δημιούργησαν τον ελληνιστικό κόσμο. Σε αυτό το πλαίσιο οι Εβραίοι ξεκίνησαν από πολύ νωρίς να εγκαθίστανται σε μερικές από τις μεγάλες νεοϊδρυθείσες πόλεις, όπως ήταν η Αλεξάνδρεια και η Αντιόχεια. Φαίνεται ότι ο κοσμοπολιτισμός του ελληνισμού προσέλκυσε στην Κρήτη τις πρώτες εβραϊκές κοινότητες, οι οποίες γρήγορα υιοθέτησαν την ελληνική γλώσσα και, ως έναν βαθμό, τον ελληνικό πολιτισμό.

Αυτοί οι Εβραίοι του ελληνιστικού κόσμου αποτέλεσαν την απαρχή των εβραϊκών κοινοτήτων της Κρήτης, οι οποίες παρέμειναν ζωντανές για περίπου 2.000 χρόνια. Αναπόφευκτα, μαζί με τον υπόλοιπο πληθυσμό του νησιού οι κοινότητες αυτές κέρδισαν αλλά και υπέφεραν από τη ιδιαίτερη γεωγραφική θέση της Κρήτης, ανάμεσα στην απομόνωση και το στρατηγικό της στίγμα. Υπό την ρωμαϊκή, τη βυζαντινή, την ενετική και την οθωμανική κατάκτηση οι εβραϊκές κοινότητες ανέπτυξαν έναν διακριτό χαρακτήρα, που αφενός φανέρωνε τη σύνδεσή τους με την αρχαιότητα, αφετέρου έφερε, μετά τον 15^ο αιώνα, στοιχεία τις πλούσιας σεφαραδίτικης ταυτότητας που ευρέως διαδόθηκε στην ανατολική Μεσόγειο.

Οι τελευταίοι κατακτητές του νησιού ήταν οι Γερμανοί, οι οποίοι κατέλαβαν το νησί το 1941. Η ναζιστική ιδεολογία τους οδήγησε στη καταστροφή της τελευταίας εβραϊκής κοινότητας της Κρήτης, αυτής των Χανίων, το 1944. Μέχρι τη λήξη του Β΄ Παγκοσμίου Πολέμου είχαν καταστραφεί στο νησί πέντε συναγωγές, πράγμα που συνέβη επίσης με τα εβραϊκά νεκροταφεία και σχολεία και μόνο η βεβηλωμένη και παραμελημένη συναγωγή Ετζ Χαγίμ απέμεινε μάρτυρας της εβραϊκής ζωής στην Κρήτη.

Το 1995 το Παγκόσμιο Ταμείο Μνημείων ξεκίνησε τις εργασίες ανακαίνισης της Συναγωγής, η οποία επαν-εγκαινιάστηκε το 2000 ως χώρος προσευχής, μνήμης και συμφιλίωσης.